Hiyori Nishiyama, une jeune lycéenne de quinze ans complexée par sa petite taille et sa grande timidité, retourne au lycée après un an d'hospitalisation. Elle espère également pouvoir bien s'entendre avec les autres élèves de sa classe. Seulement, au moment de sa présentation, Yûshin Hirose, un jeune garçon mesurant un mètre quatre-vingt-dix, entre brusquement dans la classe. Les deux personnages se retrouvent assis l'un à côté de l'autre. Yûshin est tout l'opposé de Nishimiya : contrairement à elle, il est très ouvert et populaire. C'est grâce à l'aide de son voisin de classe que la jeune fille pourra vaincre sa timidité envers les autres.

ce manga contien un OAV c'est un coup de pub qui insite a lire le manga papier mais vous ne serez pas deçu et comme moi je suis sur que vous aller le lire!le dessin est aussi beau dans l'anime que dans le manga

Kyosuke Kosaka est un lycéen ordinaire n’étant pas en bons termes avec sa charmante petite soeur Kirino. Cependant Kirino cache un lourd secret : elle adore les jeux érotiques pour otaku et se confie à son frère, la seule personne au courant et qui va l’aider dans cette passion particulière.

Okazaki Tomoya est élève en troisième année de lycée. Tout semble monotone autour de lui jusqu'au jour où il rencontre Furukawa Nagisa. La vie de Tomoya va changer à partir de ce moment là. Tomoya commencera aussi à faire des rêves d'un monde vide. Il rencontrera dans ce monde vide une fille capable de faire fusionner plusieurs objets pour créer un corps. Tomoya prendra possession d'un de ces corps et renaitra dans ce monde. Ils seront tout les deux dans ce monde vide, les deux seules personnes "vivantes".

A l'ère Edo, le Japon est envahi par des extraterrestres appelés Amanto, des créatures de formes diverses, mais toutes plus ou moins humanoïdes. Ceux-ci parviennent suite à de longs combats à vaincre les samouraï. Dès lors, une futurisation radicale tranchant avec le décor classique du Japon se met en place et les Amanto interdisent le port du sabre en public. Malgré tout, il en reste qui préfèrent conserver leur bushido. Dans ce Japon complètement anachronique, subsistent ainsi des personnes qui refusent d'abandonner leur sabre. Parmi eux, Gintoki Sakata, ancien samouraï excentrique. Avec son comparse, Shinpachi Shimura et l'extraterrestre Kagura, ils forment un groupe de free-lanceurs prêts à effectuer des missions en tous genres pour pouvoir payer leur loyer.

Suzumiya Haruhi est une fille plutôt étrange, elle n'a qu'un seul but dans la vie : rencontrer des personnes du type paranormal, que ce soit aliens, des voyageurs du temps, des exilés de l'espace, etc... L'étrange l'attire et elle n'aime pas trop se mêler aux gens normaux.
Kyon, lui, est un jeune lycéen devenu terre à terre après avoir réalisé que tout ces phénomènes paranormaux n'existent pas. Ce dernier va se retrouver finalement dans la même classe que Suzumiya et il deviendra très vite, malgré lui, son acolyte dans toutes ses fantaisies. Fort heureusement, Suzumiya arrivera à embrigader d'autres personnes afin de créer une organisation aux objectifs bien étranges : la ''brigade SOS''.